Góra Kotarz znajduje się w granicach Parku Krajobrazowego Beskidu Śląskiego. Porastają je lasy o znaczeniu wodo- i gleboochronnym. Obszar tzw. Beskidu Węgierskiego, obejmujący rejon góry Kotarz, stanowi jedyny korytarz łączący siedliska Natura 2000 w tej części Beskidu i z tej racji podlega ochronie przed zniszczeniem. W ramach opracowania „Projekt korytarzy ekologicznych łączących Europejską Sieć Natura 2000 w Polsce”, obszar ten stanowi fragment krajowego południowego korytarza migracyjnego, jest więc kluczowy dla zachowania spójności sieci obszarów chronionych.
Jest to teren o dużym znaczeniu dla zachowania bioróżnorodności. Zidentyfikowano tu 17 rodzajów siedlisk z I Dyrektywy Siedliskowej – jednym z cenniejszych są fragmenty lasów o charakterze naturalnym. Występuje tu 16 gatunków z załącznika II Dyrektywy Siedliskowej, w tym udokumentowane bytowanie i migracje wilka. Znajduje się tu typowa puszcza karpacka. Ponadto występują rzadkie gatunki ryb (w tym 3 gatunki z załącznika II DS) oraz roślin i bezkręgowców.